A későbbiekben látni fogjuk, hogy a reformer egyházakban a reformációt követően kb. 60-100 évvel később újabb reformmozgalmak indultak. A puritánok az anglikán egyház olyan hívői voltak, akik meg akarták tisztítani az egyházat a pápaság maradékától a Biblia üzenete alapján. Ezt a mozgalmat 1560 után nevezték el így (pure - tisztít). 1570-ig elsősorban a külsőségeket kifogásolták, mint a szertartások, a miseruha, vagy a szentek ünnepei. A puritanizmus fellegvára Cambridge lett, egyre több értelmiségit nyertek meg. Erzsébet 1593-ban hozott rendeletet ellenük, amely jogot adott a hatóságoknak, hogy a puritánokat börtönbe zárják, ha nem látogatják az anglikán gyülekezeteket. Ugyanakkor a puritánok nem akartak elválni az egyháztól, hanem egyesek presbiteriánus, mások kongregácionista anglikán egyházat szerettek volna. Hitték, hogy az egyház alapja az Isten alatt lévő emberek és nem az uralkodó. A puritánok teológiájukban később elsősorban William Ames (Amesius, 1576-1633) és William Perkins kálvinista változatát követték.
http://www.apuritansmind.com/William%20Ames/WilliamAmes.htm

Ames teológiája a kálvinizmusból indul ki, de sokkal több részt tulajdonít az embernek. Nyílván nagy hatással volt rá Arminius, ugyanis, Ames Angliából Hollandiába menekült, de vitáiban mindenképpen ellene szállt hadba a kálvinizmus mellett. A teológiáját általánosan morális teológiának nevezik.

A presbiteriánusok

Thomas Cartwright (1535-1603) megjelenése vitte át a puritánok hangsúlyát a liturgia reformjáról a teológiai és egyházkormányzási reformra 1570 körül. Cartwright a Chambridge egyetem teológiai professzora volt. Tanítványai a kálvinista teológiát és egyházkormányzást fogadták el. Ő fektette le az alapjait az angol presbiterizmusnak. Az első presbiteriánus gyülekezet Wandsworthben indult 1572-ben.

A kongregácionisták

Más puritánok Henry Jacob (1563-1624) nézeteit fogadták el. Őt tartják a kongregácionisták, vagy Függetlenek alapítójának. Nézete szerint a nemzeti egyházon belül minden gyülekezet legyen szabad, hogy megválassza a pásztorát és a szabályzatát és kezelje a saját ügyeit. Börtönbe került, majd 1606-ban Hollandiába emigrált, ahol az angolok lelkipásztora volt. Itt Robinsonnal jelentős hatást gyakoroltak egymásra. Jacob 1616-ban tért vissza Angliába és lett Londonban a Függetlenek pásztora. Cromwell és Milton is függetlenek voltak.
1658-ban a Függetlenek és a Szeparatisták Savoy-ban kálvinista hitvallást fogalmaztak meg.

A szeparatisták

A fenti csoportok mellett megjelentek a Szeparatisták, akik úgy gondolták, hogy Krisztushoz lesznek hűségesek az állami egyháztól függetlenül. Ők olyan kongregácionisták voltak, akik a Függetlenekkel szemben az államtól is szakadni akartak. A szeparatista csoportok kezdete 1567-re nyúlik vissza, amelyet Richard Fitz szervezett meg egy szövetségre alapozottan. Általánosan elmondható, hogy a puritánok szellemiségének egyik középpontja a szövetségek voltak. A jelentősebb vezető Robert Browne (1550-1633) lett, ő 1580-ban hozott létre egy gyülekezetet Norwich-ban. Innen a gyülekezetével Hollandiába menekült. Itt több művet is írt, amelyekben kifejtette, hogy a hívőknek önkéntes szövetségben egyesülnie Krisztushoz és egymáshoz, a hivatalnokokat tagoknak kell megválasztaniuk és egyetlen gyülekezetnek sem lehet tekintélye a másik felett. Egy másik londoni gyülekezet vezetőit, Henry Borrowt és Jon Greenwoodot 1586-ban akasztották fel, a gyülekezetük szintén Hollandiába migrált.
Egy harmadik csoport 1606-ban jelent meg Scrooby-ban, amelyet John Robinson (1575-1625) vezetett. 1608-ban szintén Hollandiában, Leydenben telepedtek le. Végül ennek a csoportnak a tagjai vándoroltak Amerikába 1620-ban a Mayflower fedélzetén. A szövetségi elvet átvitték a politikába is, a még a hajón, a plymouth-i érkezés előtt, kötött Mayflower Egyezményben. A testvérgyülekezetüket Gainsborough-ban John Smyth vezette, akik 1606-ban Amsterdamba költöztek. 1608-ban merítette be gyülekezetét, köztük Thomas Helwys-t is.

Az első baptisták

Helwys és követői 1612-ben tért vissza Angliába, ahol megalapította az első Angol baptista gyülekezetet, amely arminiánus teológiát vallott, amelyet Hollandiában ismertek meg. Általános baptistáknak is hívták őket, mivel az általános, mindenkire érvényes engesztelést vallották. Ők még leöntéssel kereszteltek. Ezzel szemben a korlátozott baptisták kálvinisták voltak és Henry Jacob gyülekezetéből váltak ki 1633-ban és 38-ban. Ők bemerítéssel kereszteltek és a nevük a korlátozott engesztelés hitére utal. A gyülekezetet John Spilsbury vezette és a legnagyobb hatást ők gyakorolták a későbbi baptistákra. Az amerikai baptisták is ebből a csoportból származtak. 

A Puritánok harca a Stuartokkal szemben

A puritánok nagy várakozással várták, hogy Erzsébet halála után az új uralkodó, aki a skót VI. Jakab volt, és I. Jakab néven lett angol uralkodó, lévén kálvinista skót, nagy változásokat fog hozni és presbiteriánus kormányzást hoz létre az anglikán egyházban. Ennek hangsúlyozására kb. 1000 puritán lelkész aláírta a Millenáris petíciót 1603-ban, amely arra kérte az uralkodót, hogy teljesen tisztítsa meg az egyházat liturgiailag és szervezésében is. Jakab összehívott egy konferenciát, de mérges lett a puritánokra, és kijelentette, hogy ha nem idomulnak (conform) az egyházhoz, akkor elűzi őket, és hogy a presbiterianizmus annyira fér össze a monarchiával, mint Isten az ördöggel. A találkozó egyetlen eredménye egy új Biblia fordítás elkészítésének jóváhagyása volt, amely Authorized (Jóváhagyott), vagy King James változat néven vált ismertté és 1611-ben készült el. A gyülekezeti kormányzáson túl más, politikai kérdések is az uralkodó és a puritánok közé ált, mint az uralkodó és a Parlament szerepének kérdése, vagy a törvényszék függése a királytól, stb. Azonban a Stuart uralkodóknak nem volt meg a tehetségük a vas ököl kesztyűbe rejtéséhez. Fia I. Károly (uralkodott: 1625-1649 – kivégezték) ideje alatt sok puritán Amerikába menekült, mivel tartottak Károly katolikusbarát politikájától. William Laud (1573-1645) lett a Canterbury érsek, aki az uniform egyházban hitt és arminiánus volt, amelyet a kálvinista puritánok nem szerettek. A kulcs pozíciókba arminiánus hívőket helyezett. Az összeütközések kiváltó oka az lett, amikor egy új Közös Imádság Könyvét próbált a skót egyházra kényszeríteni az egység érdekében. Ez ellen a skótok fellázadtak. 1638-ban a skótok szövetséget kötöttek a presbiterianizmus megvédésére  és megszállták Angliát. Károly 1640-ben összehívta parlamentet, amely a Hosszú Parlament néven vált ismertté, mivel 20 évig állt fent. Az új parlament Károly támogatása előtt kivégezte Károly tanácsadóit, lerombolta az illegális bíróságokat, és átvette az állam pénzügyeinek irányítását, de nem jutottak a vallás terén egyezségre. 1642-ben polgárháború tört ki a puritánok és az episzkopális egyházat fenntartani kívánó royalisták között. Ez az 1646-ig tartott és puritán fölénnyel ért végett egy rendkívüli képességekkel rendelkező vezető miatt. Ő volt Oliver Cromwell (1599-1658), aki egy nagyszerű, fegyelmezett, puritán hadsereget állított fel (New Model Army). A királyt elfogták, aki megszökött, majd újabb csaták után megölték 1649-ben. 1643-ban a parlament eltörölte az episzkopális egyházat. 1645-ben az angol és a skót parlament is egységes presbiteriánus egyházi kormányzást fogadott el. 1647-ben a skótok, 1648-ben az angolok elfogadták a kálvinista Westminsteri hitvallást.

Cromwell uralma

Eközben azonban a hadsereg kongregácionista lett. Mivel a presbiteriánusok nem fizettek kielégítő zsoldot és kizárólag a presbitáriánus rendszert fogadták el, Cromwell 1648-ban kitisztította a parlamentet. Ő végezte ki Károlyt és egy kongregácionista hatalmat valósított meg, egy államközösséget, amelyet ő vezetett. 1658-ig a hadsereg segítségével diktátorként uralkodott. Toleráns volt vallási ügyekben, a zsidók letelepedését is engedélyezte 1656-ban. Cromwell halála után 1660-ban a Hosszú parlament feloszlatta magát. Az angolok közben belefáradtak a puritánok tiszta életébe, és II. Károlyt hívták vissza uralkodónak, aki visszaállította az episzkopális egyházat. Megtiltották a puritán találkozókat. Ők lettek a nagy hagyományokkal rendelkező nonkonformisták. 1689-ben a Dicsőséges forradalomban Károlyt elűzték és vallási toleranciát állítottak fel a nonkonformisták számára.
Jelentős íróik John Milton (1608-74) és John Bunyan (1628-188) voltak.